聚酰胺柱色谱的洗脱顺序通常是根据溶液的极性来排列的，极性从弱至强的顺序大致为：
水
甲醇
氢氧化钠水溶液
甲酰胺
二甲基甲酰胺
尿素水溶液
这个顺序反映了溶剂对化合物吸附性能的影响，极性较小的溶剂会使化合物更难以被洗脱，而极性较大的溶剂则相反。
对于特定的化合物分离，如黄酮类化合物的分离，洗脱顺序可能会根据化合物的结构不同而有所变化。例如，黄酮苷元的洗脱顺序通常位于前面，而糖苷的洗脱顺序则位于后面。具体的洗脱顺序可以通过实验确定，例如使用水和乙醇的梯度洗脱。
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